由于此书开篇宣称： “本书中所有关于艺术品、建筑、文献和秘密仪式的描述均准确无误。” 许多人认为《达·芬奇密码》曝光了基督教正统过去的真相。但其结果招致了来自天主教和其它基督教团体，历史学家，艺术史家及其它抱怨其研究粗糙的读者们的负面批评。有历史学家认为丹·布朗歪曲——有时甚至捏造了——历史。另一方面，包括作者在内有人指出开篇的声明并没有声称小说中的人物所提出的关于抹大拉的马丽亚，耶稣及基督教历史的理论是都准确的。 《达芬奇密码》的流行，和对于书中记录正确性的普遍接受，在基督教群体中引起了争议，并导致了针对这一议题的大量书籍的出版。其中包括Carl Olson和Sandra Miesel的The Da Vinci Hoax(《达芬奇恶作剧》)。 把学者尚未解决的争议性话题断言为事实，这是对此书质疑的很大来源。很多人认为，书中宣称本身准确无误，哪里是“事实”的结束和虚构的开始却模糊不清。再加上宗教团体称其对争议性宗教观点的反对和冒犯，大量的争论和偏袒性资料便由此引发。 本书曾受到广泛的批评因为它被认为反映了陈旧的新教徒对天主教的毁谤，或者更一般的说，反映了反对教会干预政治的传统。2005年3月15日，热那亚大主教、天主教教义部(Congregation for the Doctrine of the Faith)前第二负责人Tarcisio Cardinal Bertone以具有反天主教倾向为理由申斥此书及其发售者。“它看起来就像是倒退到了十九世纪的反神职人员的小册子，”他说。它是“粗俗和荒谬”的对历史的扭曲，充斥着“廉价的谎言。”该大主教同时也坚决地维护了被作为该书主要目标的天主教组织主业会。 关于此书和其它作品的写作手法，布朗也受到了批评。《达芬奇密码》中许多角色定位明显带有美国对欧洲人的偏见，致使欧洲人尤其抨击布朗有欠思考的陈腐说庋和“厌烦的偏见”。 ·声称郇山隐修会是一个存在于欧洲多个世纪，并保守着耶稣基督与抹大拉马利亚结婚的秘密；但事实上，经美国时事杂志《60分钟》派记者艾德·布莱德利（Ed Bradley）查证之后，发现该会只有四十多年的历史，并且还伪造了一份郇山隐修会成员名单的假文献，宣称达芬奇是郇山隐修会的会员。
